尽管在外观上的差异并不大，但作为一部更接近于SBK/ST1000级别的赛车，新的R版在多个细节上，采用了多项的新设计。首先是发动机的内部，采用了钛合金制作的、重量降低了0.63公斤的连杆，以及更轻的曲轴飞轮（重量降低了0.7公斤），汽门摇臂则使用了带DLC涂层的产品。此外，为了可以更适合在街道、跑道等不同环境、不同设置之下的发挥，R版还采用了可调的后摇臂（Swingarm）设计，在后摇臂与车架的连接位置上，设有一个四点式调节的枢纽结构。
2013' 1199 Panigale 系列，目前在美国当地的公布的建议零售分别是：普通版17,995 美元，S版为22,995 美元，S Tricolore 为27,995 美元，而R版则为29,995 美元。至于国内的最终售价，1199 Panigale 普通版的建议零售价是人民币29.9万元，而其他版本的价格则未有公布。但对比一下美国市场、不同版本之间的差别，大概也就可以估算出来了。
